Mal gucken wie ich das besser automatisiert bekomme, aber zumindest bin ich erstmal glücklich 
Geht ohne Probleme automatisiert, mache ich auch so. Du kannst zumindest bei acme.sh mit --renew-hook "/opt/script/<dein_update_script>" arbeiten. So kannst nach jedem renew die Zertifikate automatisch irgendwo hochladen.
Schaut bei mir so aus:
#!/bin/bash
#################################################
#
# Deploy SSL Certificates
# Version 1.1
# Copyright 2019, Veit <mail@brnk.de>
#
# Tested: 12.09.2018
#
#################################################
##
## Usage: ./ssl_deploy.sh <server> <domain>
##
################## Settings ###################
# Certificates
acme_dir="/etc/acme/mycerts"
remote_dir="/etc/nginx/ssl"
remote_port="22448"
remote_host="$1"
domain="$2"
######### DO NOT EDIT BELOW THIS LINE ##########
ssl_copy() {
ssh -i ~/.ssh/id_rsa -p $remote_port root@$remote_host "mkdir -p ${remote_dir}/${domain}" > /dev/null 2>&1
scp -i ~/.ssh/id_rsa -P $remote_port \
${acme_dir}/${domain}/fullchain.cer \
${acme_dir}/${domain}/${domain}.cer \
${acme_dir}/${domain}/${domain}.key \
root@${remote_host}:${remote_dir}/${domain} > /dev/null 2>&1
}
ssl_cmd() {
ssh -i ~/.ssh/id_rsa -p $remote_port root@$remote_host "/opt/lazy_server/ssl/ssl_receive.sh $domain" > /dev/null 2>&1
}
#################### RUN #######################
do_ssl_deploy() {
sleep 200
ssl_copy
ssl_cmd
}
do_ssl_deploy
Alles anzeigen
Und halt dazu noch das Gegenpart auf dem jeweiligen Server, was eben passieren soll. Bei mir werden auf dem einen Server die Zertifikate noch in nen Docker Container kopiert, oder irgendwelche Container/nginx/etc neugestartet 
Edit: Da ich dort knapp 50 Domains für alle VPS/RS verwalte sind meine Scripte meist relativ allgemein ausgelegt. Du kannst natürlich auch die Angaben wie "server" oder "domain" direkt mit in das bashscript nehmen. Bei mir werden die halt auch noch mal weiter gereicht weil ich push notifications etc. bekomme.
