Wenn ein Kopieren im internen Netzwerk von netcup so lange dauert, dann ist da was kaputt.
Ansonsten, rsync. Das ist das Standardwerkzeug bei so was. Selbst für Backup vom Server zum heimischen NAS/etc.
Nein das würde nur solange dauern, wenn es von meinem Heimrechner transferiert werden muss. Wenn es auf deren FTP Server gelöscht wurde. Ich habe den Server jetzt mit rsync wiederherstellen können. Danke nochtmal für die tolle Anleitung von @florian2833z