webhosting.a.de als externe Domain hinzuzufügen, ist zwar eine sehr pfiffige Idee, aber in deinem Fall nicht nötig
Du kannst deine beiden Domains a.de und b.de beide jeweils dem Webhosting direkt zuweisen. Dann werden zwar deine DNS Einträge kurz überschrieben (also vorher sichern), aber du kannst nach der Zuweisung wieder völlig frei über deine DNS Einträge verfügen und so z.B. webhosting.a.de für das Webbosting benutzen, server.a.de aber mit einem Webserver auf einem Rootserver verwenden. Vorteil ist dann, dass du viele Subdomains unterhalb von a.de und b.de mit dem Webhosting benutzen kannst, ohne jede einzelne als externe Domain hinzufügen zu müssen.
Ok, habe das nun mal gemacht (nur mit der b.de). Es war tatsächlich so, dass alle @ und *-Einträge überschrieben wurden, die anderen wurden übernommen. Nach ein paar Anpassungen ist also alles wieder wie beim alten, nur dass eben das Webhosting mit drin ist.
Ich würde mir da echt wünschen, dass man die Möglichkeit bekommt, diese DNS-Einträge selbst anzuändern. Also dass so wie beim Hinzufügen einer externen Domain die notwendigen Änderungen angezeigt werden, man dies auch bei den Internen so machen kann. Optional, für die, die wissen, was sie wollen.