Die Index.html durch die Index.php von extplorer ersetzt.
Da die Dateien nicht gleich benannt sind wurde die Datei nicht ersetzt sondern lediglich zur schon vorhanden hinzugefügt. Um die index.php Datei bei Aufruf deiner Subdomain auszuliefern musst du die index.html löschen bzw. umbenennen.
P.S. Bei Aufruf deiner index.php wird eine 500er Fehlermeldung ausgegeben. Woran dies genau liegt, kannst du im error.log erfahren (liegt im /logs/ Ordner).