Dafür braucht man kein teures Wildcard-Zertifikat. Und warum sollte man einzelne Subdomains nicht schützen können/wollen? Vielleicht will ich für shop.* eines, für blog.* aber keines…
Gleich vorweg: Zertifikate werden normalerweise fast immer für Subdomains erstellt. Häufiges Beispiel ist www.example.com, was auch nur eine Subdomain ist! Im Falle vom günstigen RapidSSL Zertifikat bekommt man bei dieser Methode example.com auch noch kostenlos dazu. Eine Registrierung für z.B. mein.owncloud.example.com ist problemlos möglich, zu beachten ist aber, dass das Zertifikat dann wirklich nur für exakt diese Subdomain gilt und NICHT für http://www.mein.owncloud.example.com oder owncloud.example.com!
Was auch noch erwähnt werden sollte: Für solche (privaten) Zwecke eignet sich eventuell auch ein kostenloses Zertifikat, wie es von manchen Zertifizierungsstellen angeboten wird. Ich nenne jetzt hier absichtlich keine Anbieter, da diese durch die ebenfalls verfügbaren kostenpflichtigen Angebote als Mitbewerber angesehen werden könnten. Eine Suche mit der Suchmaschine Deiner Wahl sollte weiter helfen.
MfG Christian