versucht mal bitte bei den PHP-Einstellungen der entsprechenden (Sub-)Domain den Parameter session.save-path auf /var/lib/php5/sessions zu setzen. Bei mir läuft es damit wieder.
habe Nextcloud bisher in einer Subdomain gehabt und es hat funktioniert. Habe heute etwas rumgespielt und nun habe ich das gleiche Problem. Es muss sich hier also irgendetwas geändert haben.
Edit: Bei mir hat auch eine Neuinstallation in ein Unterverzeichnis einer Domain das gleiche Verhalten