Was du probieren könntest, ohne Garantie auf Erfolg weil ungetestet.
- Im CCP unter Domains die Zuordnung der Domain zum Webhosting aufheben. Das wird dir allerdings vermutlich die bereits eingerichte Domain und Subdomains zerschiessen/löschen, inklusive eventuell eingerichteter E-Mail Postfächer. Plesk ist da relativ radikal.
- Die Nameserver der Domain auf Cloudflare setzen und dort A, AAAA und sonstige Records wie gewünscht/benötigt für Domain und Subdomains auf Webhosting- bzw Server-IP verweisen lassen.
- Die Domain als externe Domain ins Webhosting einbinden.
- Im Webhosting die gewünschten Subdomains anlegen
Der kritische Schritt, bei dem ich nicht sicher bin ob er funktionieren wird, wäre Schritt 3. Ich bezweifle es eigentlich, denn Zusatzdomains sind nun mal keine externen Domains, sondern bei netcup registriert. Ich sehe aber keine andere Möglichkeit, ohne dass netcup das seltsame Verhalten (nginx funktioniert, Apache nicht) behebt. Dazu könntest du mal beim Support nachfragen bzw das dort als Verbesserungsvorschlag anbringen. Also dass Apache auch mit Subdomains funktioniert, die nach der Umstellung einer dem Webhosting zugewiesenen Zusatzdomain auf einen externen Nameserver angelegt werden. Das wäre grundsätzlich schon wünschenswert. Eventuell kann man das auch im Forum hier an der passenden Stelle als Vorschlag unterbringen. Ob das aus Sicht von netcup technisch ohne riesigen Aufwand realisierbar ist und welche Priorität das dann bei der Umsetzung hat sei mal dahingestellt. Ich fürchte, selbst wenn das technisch möglich ist und letztlich realisiert werden sollte, wird es wohl eine Weile dauern.
Wenn auch das o.g. Vorgehen scheitert, bliebe als letzte Konsequenz nur noch die Möglichkeit, die Domain umzuziehen und dann vorzugehen wie oben, wobei der Domainumzug zwischen Schritt 1 und 2 eingeschoben werden sollte. Das sollte jedenfalls funktionieren, mit externen Domains gab es eigentlich nie Probleme bei meinen netcup Webhostings. Falls die Einbindung als externe Domain trotzdem scheitern sollte, geistern wahrscheinlich noch irgendwelche Überreste der umgezogenen Domain in den netcup-Systemen rum, das wäre dann Aufgabe des Supports, diese zu beseitigen, so dass die Domain als externe Domain ganz normal eingebunden werden kann. Bei einem vServer sollte es eh völlig irrelevant sein, wo die Domain registriert ist und welche Nameserver sie benutzt.