Ja. Sicherheit. Wenn du nur eine DB hast, kannst du natürlich keinem die FTP-Daten geben, da sonst die Daten aller Systeme ausgelesen, gelöscht und/oder manipuliert werden können. Und in gaaaaanz seltenden Fällen ermöglicht man durch Unachtsamkeit oder mieserablen Code den Zugang zur Config. Auch da wäre gleich alles infiltriert.
Aber die Sicherheitsbedenken sind für die meisten Webspace-Benutzer irrelevant.
Ansonsten macht es keinen Unterschied, nein.