Wenn die WWW-Subdomain im Zertifikat fehlt, versuche es nochmals neu zu beantragen inkl. dem erwähnten Häkchen.
Die WWW-Subdomain sollte dann eigentlich enthalten sein, soweit ich weiß unabhängig von der Einstellung bei der bevorzugten Domain!
Falls das danach immer noch nicht der Fall ist: Mail an den Support.